水晶的品种，是以它的颜色和它所包含的其他特征来划分的。
依据颜色可以分为以下5种:
(1)水晶:无色透明的晶体。在国外用于宝石的水晶常有“钻石”之称、如“阿拉斯加(Alaska)钻石”、“亚利桑那(Arizona)钻石”等，我国规定不许这样称谓。
(2)紫晶:紫色透明的晶体。它是水晶“家族”身价最高的一员。由于它美丽的紫色。一直受到人们的喜爱，有水晶之王的美誉。在二色镜下观察，具明显的多色性。在高热或燃烧条件下，常会导致宝石颜色的改变，成为黄褐色、褐色等。
(3)黄晶:浅黄到深黄色的水晶。常具有黄色宝石的黄色。
(4)烟晶:烟黄色、褐色到黑色的水晶。在我国烟黄色、褐色水晶亦称为“茶晶”；黑色水晶则称为“墨晶”。烟晶的颜色过去认为是含有不纯杂质所造成的，根据现在研究，它的颜色是由于含有极微最放射性元素(镭)所引起的。用其他物理方法(如x射线、热辐射等)，能将烟晶改色成为黄色。
(5)绿晶:绿色透明的晶体。
依据其他特征可将水晶分为以下5种:
(1)水胆水晶:含有肉眼可见的大型液态包裹体的水晶。在北京地质博物馆中，收藏有一块拳头大的水胆水晶，其中含有直径约为3厘米的液态包裹体。
(2)发晶:包含针状(或称发状)矿物包裹体的水晶。又可分为下列4种:
①金红石发晶:在透明水晶中含有针状金红石包裹体。金红石包裹体在水晶中呈杂乱无章排列。
②电气石发晶:在透明水晶中含有针状电气石包裹体。电气石包裹体在水晶中也呈无序排列。
③阳起石发晶:在透明水晶中含有针柱状阳起石包裹体。阳起石包裹体在水品中常呈放射状排列。
④金丝发晶:在透明水晶中含有金丝状自然金包裹体，这是一种极其罕见的珍贵宝石。
(3)彩虹水晶:这是一种含有细小气泡或液体充填裂隙的水晶。光线通过这些裂隙时，产生干涉作用而形成彩虹般的干涉色。这种裂隙可以是天然产生的，也可以是人工产生的(先加热，再突然冷却)。
(4)闪光水晶:水晶中含有赤铁矿和云母片包裹体，光线照射这些包裹体后.使水晶呈现红黄色到淡黄色，并且闪闪发亮。
(5)发光水晶:具有强烈磷光现象的特殊水晶，俗称“水晶发光石”或“水晶夜明珠”。
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