珍珠表面常见的瑕疵包括隆起(疱)、纹线、裂纹、凹坑、黑点、缺口、针尖以及珠层剥落等，其中破口和剥落对珍珠质量的影响最严重。
在比较理想和健康的环境中生长形成的珍珠，其表面常常致密光滑。但养殖珍珠的海水中往往有各种微生物生长，珍珠母贝在几年的生长过程中也往往可能受到某些病菌的影响，同时插核技术也可能会影响到珍珠的形成及其皮质，因此真正完全光滑无瑕疵的珍珠是极少的。大多数养殖珍珠表面都会或多或少带上一些“疤“腰线”、“皱纹”、“凹坑”等瑕疵。
这种瑕疵的多少及分布就决定珍珠的净度或皮质的好坏，也直接影响到珍珠质量及价值。有时它们还会直接影响到珍珠的使用寿命及珍珠后处理的可能性。
美国GIA根据一串珍珠中有瑕疵珍珠的多少，把珍珠串的皮质质量分级成四种类型:完美(FL),微瑕疵(有较微缺陷)(SS),瑕疵级(有缺陷)(Spotted)和重瑕疵(有严重缺陷)(VS)四个级别。
完美级的珍珠(串)是指珠串中绝大部分珍珠的表面都是完美无瑕的。只极少部分可有瑕疵，而且分布的位置非常局限，一般来说这种珍珠的瑕疵难以分辨。
微瑕级珍珠(串)是指珠串中很多珍珠无明显可见的瑕疵，细心观察才能发现少部分珍珠有小瑕疵。
瑕疵级珍珠(串)是指大部分珍珠都有瑕疵，少部分珍珠甚至可见明显瑕疵。
重瑕疵级珍珠(串)是指全部珍珠都可见瑕疵。
实际上上述标准，并不是真正的珍珠皮质分级标准，而是珍珠串的分级规范。对单颖珍珠的皮质分级国际上并无普遍应用的标准，但塔希提黑珍珠已有一个普遍为市场接受的皮质分级规范。按皮质好坏可将黑珍珠分为A、B、C、D四级。
年根据市场实际情况制定了我国海水及淡水珍珠的光洁度分级规范(表8-2)。
实际上，目前所有皮质分级中都没有考虑瑕疵分布的情况，这是不够完善的地方。在实际的交易和估价中，瑕疵的分布有时比瑕疵本身对珍珠的质量有更为直接的影响，如果一颗光泽很好的珍珠，有明显可见的瑕疵，但其瑕疵分布非常局限，如只局限在球体表面的1/20以下，其质量仍然是较高的，原因是珍珠被钻孔镶嵌后其瑕疵是不可见的，相反一颖相同质量的珍珠如其瑕疵并不太明显，但却散布在珍珠的整个球面上或超过1/2的球面上，其质量及价格就会受到严重的影响。
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