珍珠的颜色有多种，珍珠颇色对质量的影响主要受地域文化及传统所影响。
一般来说珍珠的颜色由珍珠体色、伴色和韵彩综合而成。
珍珠的体色主要受珍珠贝母的种类及养殖环境的影响，在养殖环境因素中，水体微量金属元素的影响又是主要的。不同水体中形成的珍珠，由于含致色金属卟琳体的类型和数量不同，会有不同的颜色。有人认为金色和奶油色等黄色色系珍珠中命Cu和Ag较多，粉红色珍珠中含Na较多(小林新二郎等，1959)。
珍珠的伴色是由珍珠的结构与光线结合作用产生的物理效应而产生的，是由一种浮于体色之上的一种或多种颜色混合产生的，似有若无的颜色感觉。伴色主要有玫瑰色、绿色、银白色、铜红色等，通常好的伴色往往会增加珍珠的美感，并获得更高的价值认同。
韵彩是在不同角度观察珍珠时产生的一种可变化的彩虹色彩，它是珍珠光泽体色与伴色综合作用的感觉。明显的韵彩能增加珍珠的美感，它可以增加珍珠总质量20%—50%的评分。
概括而论，国际市场上的珍珠可分成三大色系。
白色系的珍珠，如日本和中国的海水珍珠，大部分南洋珍珠。
黑色系的珍珠，如塔希提黑珍珠。
彩色或有色珍珠，如金色、黄色、绿色和粉红色等颜色的珍珠，有色珍珠在淡水养殖珍珠中常见。
在三大色系的珍珠中，白色色系是产量最大的主流色系，但实际上这一色系大部分都是珍珠后处理的结果，例如许多海水养殖珍珠，刚收获的原珠颜色往往是偏黄的。
白色南洋珍珠及海水养殖珍珠近年来产最一直增加，其价格不断下降，但总体而论，白色系南洋珍珠的价格仍然是最高的。
由于珍珠染色和辐照改色技术的进步，实际上市场上许多彩色珍珠很难和天然彩色珍珠相区分，再加上颜色受不同市场消费者偏好的影响较为明显(表8-7)，因而颜色对质量的影响并不是很确定的。
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